一、在两个以上单位任职受雇并领取工资薪金
在两个以上单位任职受雇并领取工资薪金，预缴税款时重复扣除了基本减除费用（5000元/月）。
二、除了工资薪金外，还有劳务报酬、稿酬、特许权使用费所得等
1.除了工资薪金外，还有劳务报酬、稿酬、特许权使用费所得等，各项综合所得加总后适用的综合所得税率高于预扣预缴时适用税率。
2.累计综合所得较高时容易出现这种情况。
三、年中跳槽
1.年中跳槽，累计预扣法下预扣预缴税额不汇算清缴税额不一致。
2.下家只累积本单位的工资，导致扣时选用税率低
四、预扣预缴时，申报的收入额低或者扣缴义务人未按规定扣缴
预扣预缴时，申报的收入额低于实际取得的收入额或者扣缴义务人未按规定扣缴税款等的情形，导致预缴税额低于年度应纳税额。
五、预扣预缴时，错扣减除费用及各种扣除
预扣预缴时，扣除的减除费用、专项扣除、专项附加扣除、依法确定的其他扣除，不符合税法规定条件或者超过规定标准，导致预缴税额低于年度应纳税额。
典型的例子：
（1）夫妻双方都填报住房租金专项附加扣除，或者一方房贷利息，一方住房租金；
（2）婚前各自首套房，婚后未按规定各自50%或只扣一套；
（3）多子女赡养老人，分摊或指定超出1000，或未分摊由一人按2000扣除；
（4）子女已经毕业，子女教育专项附加扣除超期扣除。
六、误用税收优惠
纳税人预扣预缴时享受的综合所得税收优惠，不符合税法规定条件或者超过规定标准，导致预缴税额低于应纳税额。
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